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生物多様性情報学−世界の状況・日本の事情−

伊藤 希(筑波大学遺伝子実験センター)

 生物多様性情報学とは生物多様性の理解に必要となる情報の取扱手法に関する学問分野である.この分野では分類学と情報学 (計算機科学) との共同作業が必須であり,生物多様性条約により必要性が増している.緊急の課題としては,GBIFに代表される世界規模分類学データベースの実現がある.世界的には小は分類学者による個別データベースから,大は世界規模の学名リストを目指すSpecies 2000,汎米プロジェクトである ITIS など様々なレヴェルでの実装が既に進行している.これら個々のプロジェクトはそれぞれに困難を抱えており,それを克服するための動きとして国家間の協力になる GBIF や GTI といった国際計画が始まっている.これらの動きを背後で支えているのは博物館の標本管理データベースに関する豊富な経験であり,当然それらのデータベースとの連携も考慮されつつある.これら海外の状況に比べ,日本国内の事情はかなり遅れをとっていると言わざるを得ない.比較的新しい,規模がそれほど大きくない博物館では標本のデータベース化は進んでいるところもあり,また研究者による個別分類群のデータベースは散見されるが,海外の状況に比べればこれら既存のデータはほとんどないと言える.これは分類学を支援する組織が存在しないか,存在してもその影響範囲が極めて狭かった事によるものであろう.その端的な例を予算面からとれば,各博物館の独自予算の他には科学研究費補助金研究成果公開促進費程度しか財源がなかったという事が挙げられる.しかし,GBIF や GTI といった規模の大きい国際計画に関しては対応省庁が決められまた予算もつけられているので,これらに関して分類学者が積極的かつ主体的に情報収集を行ない貢献してゆく事が必要であろう.但し,これらの予算はどちらかといえばデータベース事業に対する投資であって研究予算ではないという側面もあるので注意が必要である.データベース事業に単にデータを提供するだけでは分類学者にとってのメリットが少なく,ただでさえ少ない分類学者人口を更に減らす結果にも長期的にはつながりかねない.それを防ぐにはどの様なデータベースが分類学者に必要であるのか (あるいはデータベースなど分類学研究には不要であるのか) を分類学者自身が検討する必要がある.長期的に良質のデータを維持するためには,分類学者の,分類学者による,分類学者のための分類学データベースを実現することが不可欠であろう.

 分類学者のためのデータベースの条件は,研究支援ツールとして実用になる柔軟性を持つことである.ここで言う柔軟性とは,一つには分類体系の変更に容易に対応できる事であり,もう一つは個々の分類群に必要となるデータ項目の追加が容易に行なえるということである.分類学者によるデータベースとは,研究者が自身のために維持してゆく気になるデータベースである.分類学者のデータベースとは,複数の分類体系を同時処理できるデータベースの事である.個々の分類体系はその体系を採用したその時々の分類学者そのものであるので,複数の分類体系を許容するデータベースというのはとりもなおさず分類学者のデータベースである.これらの条件を満たすデータベースを構築することで,分類学研究のうちコンピュータでもできる部分を効率化でき,浮いた時間をさらなる研究や,分類学者の育成,あるいは予算獲得に使うことができるであろう.この様に柔軟性の高いデータベース構造の例として Nomencurator (Ytow et al., 2001) がある.これは分類学を模倣した研究支援ツールの実現を目標としたもので,文献情報の取扱を効率化しようとするものである.特徴としては分類体系非依存であり複数の分類体系をサポートしていること,再帰的構造とすることで自由なランク付けを許容しデータベース規模の拡大にも耐えられること,学術雑誌をモデルとした文献ベースのデータ構造であり雑誌同様の追記式として維持コストの低下を図っていること,分類概念と学名とを分離し学名の履歴追跡を介した分類概念の履歴再構築を可能としていること,が挙げられる.このデータモデルの詳細については上記論文またはhttp://www.nomencurator.org/ を参照されたい.

参考文献

Ytow, N., Morse, D. R. and Roberts, D. M. 2001. Nomencurator: a nomenclatural history mod el to han dle multiple taxonomic views. Biological Jour nal of the Lin nean Society, 73: 81-98.

http://www.nomencurator.org